فتحعلی‌شاه در نخستین برخورد، با تندی و پرخاش از او خواست واقعه قیام مردم یزد را توضیح دهد. از لحن شاه چنین به نظر می‌رسید که می‌خواهد به آخوند فرصتی دهد تا خود را از اتهام تبرئه کند و منکر نقش خویش در قیام مردم یزد شود، ولی ملا محسن با کمال شجاعت گفت: «من حاکم را از شهر بیرون کردم، چون حاکم ستمگری بود و نیازمندان از دست او به تنگ آمده بودند.»
شاه که با این قاطعیت روبه‌رو شده بود، به امین‌الدوله گفت: من باور نمی‌کنم آخوند در این شورش‌ها نقشی داشته باشد، بلکه این قیام را عده‌ای اراذل و اوباش ترتیب داده‌اند. امین‌الدوله نیز حرف شاه را تأیید کرد و گفت: بله، حق با شماست. ملا محسن از ارادتمندان شماست و چنین جسارتی از ایشان بعید است!
آخوند که در چند قدمی شکنجه قرار داشت، فریاد زد: «من حاکم شهر را بیرون کردم. خودم بودم. مردم تقصیری ندارند!» شاه که از رفتار ملا محسن تعجب کرده بود و از طرفی نمی‌خواست به ایشان بی‌احترامی کرده باشد، تا عواقب ناگواری را دامن بزند، با اشاره به امین‌الدوله فهماند که واسطه شود تا وی را آزاد کند.
امین‌الدوله رو به شاه کرد و گفت: ایشان از عالمان بزرگ و شخص محترمی است. به خاطر من او را ببخشید! آن‌گاه او را آزاد کردند.
قصص‌العلما، ص 101 و 102
ماه نامه خوبان
