آیت الله بهجت به امام عنایت خاصی داشتند.
یکی از شاگردان امام قدس سره در خاطره ای می گوید: « پس از آزادی حضرت امام از زندان
و ورودشان به قم در سال 1341 هـ.ش. مردم در تمام محله های قم جشن گرفتند و منزل هر روز آکنده از
جمعیت بود، در آن زمان حضرت آیت الله العظمی بهجت نیز از کسانی بود که هر روز به منزل امام
تشریف می آوردند و مدتی بر در یکی از حجرات بیت ایشان می ایستادند وقتی به ایشان پیشنهاد شد که
شایسته نیست بیرون اتاق بایستید، لااقل در داخل اطاق بنشینید. ایشان در جواب فرمود: من بر خود واجب
می دانم که جهت تعظیم این شخصیت ارزنده به اینجا آمده و دقایقی بایستم و سپس باز گردم. »
آیت الله مصباح نیز در این باره می گوید:
« مرحوم آقا مصطفی(ره) از پدرشان مرحوم امام (ره) نقل می کرد:
آقا معتقدند جناب آقای بهجت دارای مقامات معنوی بسیار ممتازی هستند.
از جمله مطالبی که از پدرشان درباره آقای بهجت نقل می کردند این بود که: ایشان دارای موت اختیاری
هستند، یعنی قدرت این را دارند که هر وقت بخواهند روح خویش را از بدن به اصطلاح خلع کنند و بعد
مراجعت کنند. این یکی از مقامات بلندی است که بزرگان در مسیر سیروسلوک عرفانی ممکن است به
آن برسند، و همینطور مقامات معنوی دیگری در معارف توحیدی که زبان بنده یارای بحث درباره این زمینه ها را ندارد. »
هم او در جای دیگر می گوید:
« مرحوم حاج آقا مصطفی از قول امام نقل می کردند: وقتی امام (که ارتباط نزدیکی با مرحوم آقای
بروجردی داشتند ) دیده بودند که زندگی آقای بهجت خیلی ساده است، برای کمک به زندگی ایشان یک
وجهی از مرحوم آقای بروجردی گرفته بودند، وقتی آورده بودند برای آقای بهجت ایشان قبول نکرده
بودند و امام هم مصلحت نمی دیدند آن وجه را برگردانند، به هر حال با یک چاره اندیشی حضرت امام
فرموده بودند ( این طور که نقل کردند ): من از مال خودم به شما می بخشم، و شما اجازه بدهید من این
را دیگر بر نگردانم. تا اینکه به این صورت ایشان به عنوان هبه از ملک شخصی حضرت امام قبول
کردند. »
باز آیت الله یزدی در مورد عنایت ویژه حضرت امام به ایشان می گویند:
« در یکی از شرفیابی های خبرگان رهبری به خدمت حضرت امام راحل رحمه الله، از ایشان رهنمودی
برای مسائل اخلاقی خواسته شد، حضرت امام، خبرگان را به حضرت آیت الله العظمی بهجت حواله
دادند.و در جواب اظهار خبرگان که ایشان کسی را نمی پذیرد، فرمودند: آنقدر اصرار کنید تا بپذیرد. »